17 ліпеня 1570 г. заснаваны езуіцкі калегіюм, які ў 1579 годзе прывілеем вялікага князя Сьцяпана Батуры быў ператвораны ў акадэмію з усімі правамі эўрапейскага ўнівэрсытэту. Першым рэктарам Віленскай акадэміі стаў Пётра Скарга, знакаміты каталіцкі прапаведнік, пісьменьнік і палеміст, які, дарэчы, добра валодаў беларускай мовай і напісаў на ёй шэраг твораў.

Напачатку Віленская «alma mater» мела тэалягічны і філязофскі факультэты, а  ад 1641 года - і юрыдычны. У 1586 годзе пры акадэміі была адчыненая друкарня.

Ад 1773 года, пасьля пастановы Папы рымскага пра скасаваньне Ордэну езуітаў, акадэмія перайшла пад кіраўніцтва Адукацыйнай камісіі (па сутнасьці, першага ў Эўропе міністэрства адукацыі) і ў 1781-м была пераўтвораная ў Галоўную школу Вялікага Княства Літоўскага. Паводле ўнівэрсытэцкага архіву, ад 1583 да 1781 года навуковыя ступені былі прысвоеныя тут 4076 асобам.

У 1803 годзе старажытная школа стала называцца імпэратарскім Віленскім унівэрсытэтам. На той час у ім існавалі факультэты літаратуры і вольных навукаў, маральных і палітычных навукаў, мэдычны і фізыка-матэматычны. Унівэрсытэт быў цэнтрам Віленскай навучальнай акругі.

На працягу ўсёй ягонай гісторыі значную частку студэнтаў і выкладнікаў Віленскага ўнівэрсытэту складалі выхадцы з беларускіх земляў. У гэтым асяродку навукі чыталі лекцыі прапаведнік і красамоўца Пётра Скарга; славуты новалацінскі паэт, філёзаф і тэарэтык літаратуры ХVІІ стагодзьдзя Мацей Казімір Сарбеўскі; ягоны сучасьнік, выбітны знаўца рыторыкі Жыгімонт Лаўксмін; асьветнік і астраном Марцін Пачабут-Адляніцкі; гісторык, аўтар крылатага закліку лістападаўскіх (1830-31) паўстанцаў «За нашу і вашу свабоду! (Za naszą i waszą wolność!)» Яўхім Лялевель ды іншыя навукоўцы з эўрапейскай вядомасьцю. Сярод гадаванцаў унівэрсытэту былі Сімяон Полацкі, выдатны паэт Юльюш Славацкі, гісторык Сымонас Даўкантас, адзін зь першых дасьледнікаў заканадаўчых і летапісных помнікаў Беларусі Ігнат Даніловіч... Віленскімі студэнтамі былі Адам Міцкевіч, Ян Чачот, Тамаш Зан, Ігнат Дамейка, якія ўваходзілі ў разгромленыя царскай паліцыяй таемныя таварыствы філяматаў і філярэтаў. У розны час вучнямі Акадэміі былі дзеці беларускіх магнатаў ды найбольш знанае шляхты: Радзівілаў, Сапегаў, Пацаў, Тышкевічаў, Хадкевічаў, Завішаў, Валовічаў...

У першай траціне ХІХ стагоддзя пры Віленскім універсітэце дзейнічалі мастацкія катэдры гравюры, скульптуры, жывапісу і малюнку, дзе студэнты атрымлівалі падрыхтоўку для паступленьня ў акадэміі мастацтваў. Тут выкладалі вядомыя жывапісцы і графікі Францішак Смуглевіч, Ян Рустэм, скульптар Казімір Ельскі. Выхаванцамі Віленскай мастацкай школы сталі беларускія мастакі Язэп Аляшкевіч, Валенты Ваньковіч, Іван Хруцкі, Напалеон Орда, Генрых і Вінцэнт Дмахоўскія.

Да сярэдзіны ХVІІ стагодзьдзя ў езуіцкіх навучальных установах (як, дарэчы, і ў іншых каталіцкіх, а таксама ў вуніяцкіх, праваслаўных і пратэстанцкіх) мовамі навучаньня былі беларуская і лацінская. Але па меры палянізацыі шляхты з другое паловы ХVІІ стагодзьдзя адбываўся пераход на польскую мову.

Пасьля прымусовага далучэньня Беларусі да Расейскай імпэрыі ўнівэрсытэт быў магутным асяродкам духоўнай апазыцыі калянізатарам. Шэраг віленскіх выкладнікаў і студэнтаў узялі чынны ўдзел у нацыянальна-вызвольным паўстаньні 1830-1831 гадоў (лістападаўскім). Гэта адыграла вызначальную ролю ў закрыцьці ўнівэрсытэта царскімі ўладамі ў 1832 годзе.

У Беларусі такім чынам не засталося аніводнае вышэйшае школы. Замест зачыненых навучальных асяродкаў пачалі стварацца расейскія “народные училища” ды іншыя русыфікатарскія ўстановы з даволі нізкім узроўнем навучаньня. Дэструкцыя адукацыйнае сыстэмы ішла поруч са спыненьнем дзеяньня Статуту і дэмакратычных інстытуцыяў, заменай адміністрацыі, фальшаваньнем гісторыі краю. Беларусь такім чынам ператваралася ў задворкі Расейскае імпэрыі (Паводле “100 пытанняў і адказаў з гісторыі Беларусі” / І. Саверчанка, Зм. Санько; “10 вякоў беларускай гісторыі” / У Арлоў, Г. Сагановіч).